La polémica por la contaminación de los ríos del Alto Valle continúa generando trastornos entre los habitantes de la zona. Según un informe sobre la calidad agua realizado por la Intendencia General de Recursos Hídricos y el Departamento Provincial de Aguas reveló que el río Negro, en la zona de Allen, triplicó la presencia de Escherichia Coli en menos de un año. Por esta razón se prohibió a los habitantes utilizar el agua para actividades recreativas. También la isla Jordán en Cipolletti presenta valores que triplican el máximo permitido de materia fecal.
Los análisis de calidad bacteriológica del río Negro advierten datos cada vez más preocupantes. Según indica el informe citado, en la zona de Allen en 2015 la presencia de Escherichia Coli (materia fecal) alcanzaba las 200 unidades por cada 100 mL de agua, mientras que en el análisis del 2016 el nivel de Escherichia Coli se triplicó alcanzando las 700 unidades por cada 100 mL.
Respecto a los balnearios cipoleños, el análisis bacteriológico indica que los más afectados son la margen norte de la Isla Jordán con 550 unidades de Escherichia Coli/mL, la margen sur de la Isla Jordán con 250 unidades/mL, la zona de la pasarela en Fernández Oro que supera las 300 unidades/mL, Cervantes que también supera las 300 unidades/mL, y el balneario de Allen con 200 unidades/mL.
Respecto a los balnearios sobre el río Neuquén, los valores bacteriológicos indican que se encuentran por debajo del máximo permitido de Escherichia Coli por lo que se encuentran aptos para actividades recreativas.
El valor más alto se encontró en el sector de Cuatro Esquinas (Cipolletti) donde se detectó 100 unidades de Escherichia Coli/mL, seguido por la zona de Campo Grande con 50 unidades/mL, el lago Pellegrini con un aproximado de 40 unidades/mL, y Cinco Saltos con 35 unidades/mL.
Según la norma canadiense los balnearios consideran aptos no deben superar las 200 unidades de Escherichia coli por cada 100 mL de muestra de agua.